Времена Эдо подходят к концу, и сильнейшего шиноби Габимару, живущего в поселении Ивагакурэ, осудили на смертную казнь. Но у него есть шанс на помилование - доставить "жизненный эликсир" с дальнего острова. Герой решает отправиться в опасное путешествие не только ради своей жизни, но и чтобы вернуть свою покойную жену к жизни. Вместе с барышней-палачом Сагири они отправляются на поиски Чистой Земли, где можно найти зелье. В пути они встречают других злоумышленников, которые также ищут эликсир, и им приходится бороться за выживание в опасных условиях, где поджидают искатели приключений и странные существа.