В мире, где алхимия когда-то была ключом к могуществу, аниме 'Код алхимика' разворачивает свою эпическую сагу на фоне континента Вавилон. История начинается с открытия алхимии, которое неожиданно приводит к разрушительной войне между семью нациями континента, каждая из которых стремится использовать Вавилонскую башню для достижения своих амбициозных целей. После долгих лет борьбы, угроза полного уничтожения заставляет нации заключить мирное соглашение, запрещающее использование алхимии. Однако в 911 году нация Люстриса нарушает этот мир, восстанавливая темную мощь алхимии и стремясь к завоеванию континента. В ответ на это, оставшиеся шесть наций, возглавляемые Энвилией, соединяются, чтобы противостоять восставшим. Через двадцать лет после войны, спокойствие на континенте нарушается, когда алхимия вновь начинает сеять хаос, открывая новую главу в борьбе за власть и знания.