С момента возвращения крейсера Ямато с планеты Искандар прошло 3 года. За этот период многое изменилось: Земля оправилась от столкновения, приобрела более мощный флот и даже подписала мирный договор с гармильями. Однако все прошлые усилия команды крейсера «Ямато» по достижению долгожданного равновесия были напрасны, в то время как Земля снова двигалась по военному пути. Новая угроза нависла над колыбелью человечества и остальной галактики, с которой, как и прежде, столкнется группа главных героев этой истории.