Вторая серия должна следовать за событиями второй видеоигры, сосредоточившись на затерянном континенте Му. Древняя цивилизация исчезла много веков назад, и некоторые из ее остатков до сих пор существуют в виде мифов и легенд, называемых UMA (неопознанные формы жизни). UMA начинают сливаться с людьми, чтобы искать сокровища Му, могущественных оопартов, которые дадут им возможность возродить Му. После того, как Субару и Вар-Рок сталкиваются с несколькими необычными врагами, они встречают профессора по имени Доктор Орихиме, который отправляет их на поиски оопартов и остановку НМА. Используя ooparts, Рокмен может принимать новые формы, включая Громового Берсерка, Огненного Динозавра и Зеленого Шиноби.