В вымышленном мире аниме "Королевство руин" люди и ведьмы когда-то жили в гармонии. Но с наступлением научной революции, силы ведьм стали излишними и ненужными в обществе. Люди начали испытывать страх и недоверие к ведьмам, что привело к охоте на них и их исчезновению из королевства. Однако, среди людей остались те, кто не разделяет враждебности и предрассудки, и существуют ведьмы, которые выжили и скрываются.

Главной героиней аниме является Эмилия - юная ведьма, стремящаяся вернуться в свой разрушенный мир. В ее приключениях и борьбе за выживание ей помогает Субару, молодой человек, оказавшийся случайно вовлеченным в ее судьбу. Вместе они отправляются в опасное путешествие, встречая разных союзников и противников, и пытаются раскрыть тайны прошлого, чтобы вернуть гармонию между людьми и ведьмами.

В путешествии Эмилия и Субару сталкиваются с множеством препятствий и опасностей. Они попадают в различные королевства и мирные города, где находят новых друзей и союзников, но также и врагов и противников. Некоторые из них поддерживают людей и готовы оказать помощь, но есть и те, кто не хочет видеть ведьм в своем мире.