Первый летчик-истребитель Евы - четырнадцатилетний Икари Синдзи, сын нервного лидера Икари Гендо, замкнутого и необщительного подростка, которого серьезно мучает его отец. Подобные проблемы затрагивают не только других молодых пилотов, но и взрослых сотрудников организации, от которых их высшие руководители скрывают реальный смысл проекта - начало финального конца света.