Юми Икома и Рё Масаока - дети, которые были выбраны для участия в совершенно секретной миссии, чтобы стать пилотами первых боевых отрядов Фафнера; последний шанс на выживание для человечества. Враг безжалостен, безжалостен и умеет читать мысли людей. Поэтому детали этой миссии держатся в секрете даже от задействованного персонала. Молодые пилоты должны использовать все свое мужество и веру, чтобы выжить и завершить свою миссию, иначе судьба человечества будет поставлена под угрозу.