После поражения Мюри Ундзен от рук Медаки Куроками и ее Студенческого совета в Академии Хаконива восстановился мир - по крайней мере, на короткое время. Вскоре Медака, Зенкичи Хитоёси, Коки Акуне и Могана Кикайдзима оказываются вовлеченными в еще одну зловещую схему, известную как «План флакона», которую возглавляет сам директор школы.

Однако первая проблема совета состоит в том, чтобы иметь дело с целой новой группой сверхчеловеческих студентов, называющих себя «Партия тринадцати», во главе с эгоистичным, но могущественным Удо Мияконодзё. С таинственным планом Flask, тиранией Удо и возрождением старого врага состояние Академии Хаконива далеко от спокойствия, и Медака и ее товарищи заняты своими руками, поскольку все становится только намного более ненормальным.