В далеком будущем Земля была уничтожена космическими пришельцами Гауна. Его жители сбежали в космос, превратив фрагменты своей родной планеты в гигантские корабли, но не смогли сбить врага с пути. Сидония - один из мировых кораблей, который ищет новый дом, сражаясь с Гауной, монстрами-оборотнями с каменными доспехами. Основная защита ковчега - борьба с охранными роботами с оружием, способным уничтожать незнакомцев.