К 0096 году Всемирного столетия хрупкий мир возникнет из пепла конфликта. Шестнадцатилетний студент Банагер Линкс посещает космическую колонию Industrial 7 во время школьной экскурсии, но из-за сломанного шаттла он остался в затруднительном положении.

Для Банагера, который всегда жил нормальной жизнью, война всегда была далекой, почти мифической частью истории; но через несколько минут фантазия становится реальностью, когда он спасает девушку по имени Одри Бёрн, которой срочно нужно встретиться с лидером близлежащего фонда Вист, Кардеасом Вистом. Она надеется убедить его оставить «Ящик Лапласа», объект, который может разрушить мир. История приходит в движение, когда галактические силы сходятся на Industrial 7, каждая из которых борется за обладание Ящиком Лапласа. Пока остатки Нео Зиона сталкиваются с силами Земной Федерации вокруг колонии, Кардеас в свои последние минуты дает Банагеру ключ от Ящика, мобильного костюма, получившего название «Единорог Гандам».

Мобильный костюм Gundam Unicorn RE: 0096, наполненный взрывным действием и растущим напряжением, следует за Банагером, поскольку его убеждение проверено, и судьба, которая бездействовала более века, наконец, реализована.