После заключения Хакууки, Чизуру Юкимура и Синсэнгуми вынуждены бежать из Киото и отправиться в Эдо. В отсутствие их командира Исами Кондо заместитель командира Тосизо Хидзиката исполняет обязанности командира. Однако Хидзиката борется не только с дополнительными обязанностями лидера, что беспокоит всех вокруг него, но и с вновь обретенной неконтролируемой жаждой крови. Что еще хуже, это побуждение действует не только на него одного, и оно даже начинает сводить с ума некоторых из его подчиненных.

Наконец, Кондо возвращается с приказом императора защищать замок и новым названием для их отряда: Кою Чинбутай. Но на войне баланс сил может внезапно измениться, и пристрастия могут пошатнуться. В Хакууки Хеккетсуроку Чизуру следует за Синсэнгуми в самое сердце войны и продолжает поиски пропавшего отца, в то время как связь между ней и Хидзикатой становится все сильнее.