Год 1999. Амамори Хадзиме - обычный обычный ученик начальной школы, который пытается учиться и тусуется со своими сумасшедшими приятелями. Но однажды, когда его отец испытывает оборудование, над которым он работал, что-то заставляет его взорваться, унося с собой дом! Теперь осиротевший, Хадзиме забирает его дядя, астроном. Там, в обсерватории своего дяди, он встречает девушку, которую видел раньше и в которую влюбился. Он узнает, что ее зовут Юкино Яёи, и что ее родители владеют магазином рамена в городе. Но даже лучше, она помощница его дяди! Какая удача!

Но Яёй не совсем то, кем кажется. Есть причина, по которой она помогает Амамори-сан в обсерватории. Она - Тысячелетняя Королева (Сен-Нен Джоу), специально выбранная ее родной планетой, ЛаМеталом, чтобы отправиться на Землю и помочь подготовиться к возможному уничтожению планеты. Что вызовет эту катастрофу? LaMetal имеет чрезвычайно эллиптическую орбиту, которая отправляет его очень, очень близко к Земле каждые 1000 лет. Когда он подбирается достаточно близко, Земля реагирует, вызывая всевозможные стихийные бедствия. Хотя она была выбрана с целью защиты LaMetal, ее личный план состоит в том, чтобы эвакуировать как можно больше людей на LaMetal, чтобы, если их планета будет разрушена, они выживут.

Однако есть один человек, который стремится помешать ее плану, глава Millennium Theives. Почему он хочет остановить Яёи? И вообще, откуда он знает о Королеве Тысячелетия?