Ю ☆ Ги ☆ Ой! Зексал следует за приключениями Юмы Цукумо в его родном городе, футуристическом городе Хартленд. Юма - дуэлянт-любитель, который хочет стать величайшим в мире чемпионом Duel Monsters, который научился основам дуэлей у своего отца, который давно исчез при загадочных обстоятельствах. Всегда доводя себя до предела, чтобы проявить себя, Юма вскоре обнаруживает, что проигрывает, сражаясь с хулиганом, чтобы вернуть украденные карты своего друга. Когда надежда кажется потерянной, появляется таинственный дух по имени Астрал и помогает Юме выиграть дуэль.

Астрал объясняет, что его воспоминания были потеряны и разделены на 99 карточек, называемых числами, которые были разбросаны по всему миру. Эти числа чрезвычайно опасны; каждая карта имеет собственную волю и может овладеть любым дуэлянтом, который использует ее, выявляя самые глубокие и часто самые мрачные желания сердца этого человека. Видя, что Астрал - опытный дуэлянт и желая стать лучше, Юма неохотно соглашается помочь Астралу в восстановлении Чисел. Но Юма и Астрал - не единственные Охотники за Числами, и многие другие стороны, ищущие эти могущественные карты, имеют гораздо более злые желания, чем восстановление утерянных воспоминаний.