Когда-то, когда пирамиды были еще молоды, египетские лидеры были удивлены тем, что они организовывали между собой магические бои, называемые «Игры теней». Это привело к высвобождению огромной темной энергии, способной уничтожить весь мир. Затем могущественный фараон поймал эту силу в ловушку таинственных «тысячелетних артефактов» ценой своей жизни и шести священников. 3000 лет прошло. Весь мир увлечен Duel Monsters, карточной игрой с использованием компьютерных технологий, аналога Shadow Games. Школьник Юги Муто - лучший игрок, но мало кто знает его секрет. Ему удалось собрать «тысячелетнюю загадку» - древнеегипетский артефакт, найденный его дедом во время экспедиции...