Сюжет аниме "Гандам: Сконструированная метавселенная" разворачивается в захватывающем виртуальном мире, где игроки имеют возможность создавать и настраивать своих собственных роботов-гандамов и сражаться в эпических виртуальных битвах. Главный герой, Юй Мурай, является начинающим геймером, который вместе со своим другом Такэоми Татсуно отправляется в этот захватывающий виртуальный мир. Они строят своих собственных гандамов и начинают свое захватывающее путешествие в мире роботов-гандамов.

Однако, когда главный злодей, известный как "Пожиратель миров", начинает запускать вирусы, которые уничтожают гандамов, Юй и его товарищи должны объединиться, чтобы остановить его и спасти виртуальный мир от полного разрушения. В ходе своих приключений они встречают множество других игроков, которые также становятся их союзниками в сражении против зла. Они объединяют свои силы и творческие возможности, чтобы создавать новых роботов и настраивать их таким образом, чтобы преодолеть вирусы и одерживать победу в схватках.

Однажды Юй сталкивается с загадочной девушкой по имени Мия, которая появилась в игре из ниоткуда. Вместе они отправляются на поиски ответов о том, кто она такая и как она оказалась в этом виртуальном мире. Однако на их пути встает множество препятствий и соперников, которые также мечтают стать чемпионами и стремятся помешать им.