В сердце сюжета аниме "Добро пожаловать в класс превосходства" лежит история о Кодо Икусэи, престижной старшей школе, где большинство выпускников достигают впечатляющих вершин в университете и карьере. Здесь учащимся разрешается свободно выбирать стиль одежды и причёски, создавая видимость идеальной учебной среды. Однако эта школа хранит свои секреты: только лучшие ученики пользуются всеми привилегиями. Киётака Аянокодзи, сделавший ошибку на экзаменах, попадает в класс D, состоящий из учеников, считающихся "отстающими" и подвергающихся насмешкам со стороны других классов. Встреча с одноклассниками Судзунэ Хорикитой и Кикё Кусидой становится точкой поворота в его жизни, обещая новые перспективы и изменения.