Прошло два года с тех пор, как команда супер бойцов во главе с Cloud Strife спасла мир от кошмарного злодея Сефирот. Наступил мир, и могучее Облако удалилось, обосновавшись в приюте, чтобы забыть кровавые битвы прошлого среди детей. Но герой только мечтает о мире: странная болезнь, Геостигма, начинает атаковать жителей планеты, и рядом появляется таинственный незнакомец по имени Кадай, явно замышляющий зло. И их неприятные планы как-то связаны с беспомощными сиротами.