Как и в приквеле, «Зоку Нацумэ Юдзинчоу» повествует о Такаши Нацумэ, мальчике, который с детства имел возможность видеть ёкаев, и его телохранителе ёкае Мадаре по прозвищу Ньянко-сенсей. Нацумэ пытается вернуть имена, записанные в его «Книге друзей» (которую он унаследовал от своей бабушки Рэйко), ёкаям в его деревне. Во время этих приключений он встречает нескольких дружелюбных ёкаев, некоторых, которые хотят украсть Книгу, а некоторых - убить его, пока Нацуме узнает о себе и своих отношениях с этими загадочными существами.