Несмотря на поражение Квинеллы - понтифика Церкви Аксиомы - ситуация, похоже, еще не успокоилась. При контакте с реальным миром Кадзуто «Кирито» Киригая узнает, что на Океанскую Черепаху - мегаплавучий объект, контролируемый Ратом - совершили набег. Из-за внезапного короткого замыкания, вызванного налетчиками, Пульсвет Кирито был поврежден, оставив его в коме. Чувствуя неуверенность в отношении людей в Церкви Аксиомы, Алиса возвращает Кирито без сознания в их родной город - Деревню Рулид, не обращая внимания на ее изгнание из-за нераскрытого преступления. Сейчас Алиса живет обычной и мирной жизнью недалеко от деревни, желая, чтобы Кирито проснулся.

Однако трагедия случается, когда Алиса замечает, что Темная территория уже начала вторжение в Империю людей. Повторно принимая свой предыдущий псевдоним, Алиса Синтез Тридцать, она обещает победить Темную территорию, чтобы защитить мир, который Кирито и Юджио так усердно защищали.